一、對蜜源的要求不同

蜜源植物實際上是決定蜂蜜品質最重要的因素，普通蜂蜜對蜜源植物并沒有什么嚴格的要求，只要能給蜜蜂提供可采集的花蜜(植物蜜腺分泌的液體)即可，而有機蜂蜜則要求蜜蜂不能采集轉基因植物的花蜜，更不能是人工給蜂群飼喂糖漿或其他飼料生產的蜂蜜。

二、蜂蜜成熟度有區別

蜂蜜因釀制成熟度不同有成熟蜜和未成熟蜜(俗稱水蜜)兩種，其中有機蜂蜜是完全由蜜蜂釀制成熟并已用蜂蠟封蓋的蜂蜜，而普通蜂蜜則大多數是濃縮蜜(水蜜經蜂蜜濃縮機濃縮而成)，因此有機蜂蜜一定是自然成熟蜜(普通蜂蜜則未必完全是由蜜蜂釀制成熟的)。

三、是否允許使用蜂藥

蜜蜂在養殖過程中難免會受到各種病蟲害的侵擾，對此蜂農往往用各種蜂藥來防治蜜蜂的這些病蟲害，一旦使用蜂藥后蜂群釀制的蜂蜜便不能再稱作有機蜂蜜了，也就是說有機蜂蜜是絕對禁止使用任何蜂藥的，而普通蜂蜜則允許有限制的使用蜂藥來防治病蟲害。

四、能不能使用添加劑

蜜蜂本身是不需要任何添加劑的純天然食品，但有些商家或蜂農為了達到某種目的往往也會用添加劑，也就是說在普通蜂蜜中可能含有增稠劑及防腐劑等添加劑，而有機蜂蜜對添加劑的要求則非常嚴格，實際上蜂蜜中不管含有何種添加劑都不能再稱作有機蜂蜜。

總結：有機蜂蜜和普通蜂蜜都是蜜蜂采集植物花蜜釀制的，但有機蜂蜜則指完全自然狀態下蜜蜂釀制的成熟蜜，此外目前蜂蜜乃至所有蜂產品都已不再實施有機認證。